これは僕の振り分け方なので、好きなように設定してもかまいません。

@import “base.css”;フォントサイズなど全体に適用させる設定を記述します。
@import “header.css”;ヘッダー内に記述する要素に適用させる設定を記述します。
@import “side.css”;サイドナビゲーションを使用する時に記述します。
@import “contents.css”;コンテンツ内に記述する要素に適用させる設定を記述します。
@import “headline.css”;hタグ（見出し）に適用させる設定を記述します。
@import “footer.css”;フッター内に記述する要素に適用させる設定を記述します。

contentsのところなんかはよくmain.cssと設定されています。